Манастирът е обособен в няколко естествени пещери, намиращи в отвесна скала с височина над 40 м.

Името Аладжа има арабски или персийски корени, като значението му е „пъстър, шарен“. От 1960 г. е наименуван „Света Троица“. Не е известно какво е било първоначалното му име. Според преданията и легендите, патрон на манастира е Св. Спас.

Скалната обител Аладжа манастир се състои от две равнища. На първото ниво са манастирска църква, кухня с трапезария, крипта, верига от монашески килии, църква за заупокойни молитви. На второ ниво се намира голяма естествена скална ниша, в края на която е разположен малък параклис, до който се стигал чрез дървена стълба от долния етаж, където се намирала църкавата за заупокойни молитви. Тук най-добре са съхранени оригиналните средновековни стенописи, поради трудния достъп.

Близо до местоположението на манастира, са открити останки на църква, която датира от 5 – 6 в. Самият манастир е създаден около 12 – 13 в. и е бил работещ около два века, след което е изоставен. Бил е битаван от монаси отшелници.

Първите системни проучвания на манастира датират от края на 19 в., водени от братята Карел и Хермин Шкорпил.

От 1912 г. е обявен за обект с историческо значение, а от 1957 г. е обявен за паметник на културата.